W wyborach parlamentarnych w 2001 kandydował do Sejmu z listy Platformy Obywatelskiej w okręgu siedleckim, jednak nie zdobył mandatu. Do Sejmu IV kadencji wszedł w miejsce posła Zbigniewa Chrzanowskiego, który zrzekł się mandatu; złożył ślubowanie poselskie 22 września 2004. W wyborach w 2005 uzyskał mandat poselski jako kandydat PO w okręgu warszawskim.

5 grudnia 2006 został przez prezydent Warszawy Hannę Gronkiewicz-Waltz powołany na stanowisko jej pierwszego zastępcy, w związku z czym zrzekł się mandatu poselskiego. 8 września 2016 został odwołany ze stanowiska. W lutym 2018 wystąpił z PO. W 2018 nakładem warszawskiego wydawnictwa Od deski do deski ukazała się książka Kulisy warszawskiego ratusza, będąca wywiadem rzeką z Jackiem Wojciechowiczem, który przeprowadziła Magdalena Rigamonti (). W wyborach samorządowych w tym samym roku kandydował na prezydenta Warszawy z ramienia KWW Jacka Wojciechowicza Akcja Warszawa, otrzymując 1,01% głosów. Jego komitet wyborczy startował również do Rady Miasta Stołecznego Warszawy, zdobywając 1,23% głosów.