Na skrzyżowaniu nawy i transeptu zbudowano kopułę. Ma ona ośmiokątny bęben z prostokątnymi oknami na co drugiej powierzchni. Każde z nich ma kamienne obramowanie i fronton. Bęben kończy się kamiennym gzymsem z modylionami. Nad gzymsem wokół kopuły umieszczono osiem mniejszych okien z małymi trójkątnymi frontonami.
Trawertynowa fasada ma dwie kondygnacje. Na pierwszej kondygnacji umieszczono dziesięć pilastrów korynckich oraz dwie półkolumny w tym samym porządku. Wspierają one belkowanie we fryzie którego znajduje się napis: Alexander Cardinalis Farnesius, S[anctae] R[omanae] E[cclesiae] Vice-Can[cellarius], fecit MDLXXV. Główne wejście jest znacznie większe od obu wejść bocznych. Nad jego frontonem znajduje się rzeźba zawierającego monogram IHS, jest to dzieło Bartolomeo Ammannati z 1576 roku. Z kolei nad wejściami bocznymi umieszczono nisze z figurami świętych: po lewej św. Ignacego Loyolę depczącego postać symbolizującą herezję, po prawej św. Franciszka Ksawerego depczącego uosobienie pogaństwa. Na drugiej kondygnacji jest osiem pilastrów kompozytowych zgrupowanych w pary i podtrzymujących trójkątny fronton z herbem Farnese. Pośrodku tej kondygnacji umieszczono duże okno z balustradą, flankowane przez parę kolumn jońskich podtrzymujących trójkątny fronton.