Kaplice boczne Patrząc od strony wejścia po obu stronach nawy znajdują się po trzy kaplice boczne, dalej w kierunku ołtarza po bokach nawy znajdowały się dawniej przedsionki, z których lewy przekształcono w kolejną kaplicę. Kaplice znajdują się również w ramionach transeptu oraz dwie są po obu stronach prezbiterium. Sześć pierwszych kaplic od strony wejścia zostało zbudowanych na planie kwadratu i są one przykryte kopułami.
Kaplica św. Andrzeja
Pierwsza kaplica po prawej stronie poświęcona jest św. Andrzejowi Apostołowi. Kaplica ta wystrój wnętrza zawdzięcza Agostino Ciampelli. Obraz ołtarzowy przedstawia Męczeństwo św. Andrzeja. W kaplicy umieszczono dość liczne wizerunki męczenników. Na łuku przedstawiono świętych Pankracego, Celsusa, Wita i Agapita. Na pilastrach znajdują się święte: Krystyna, Małgorzata, Anastazja, Cecylia, Łucja i Agata. W kopule jest Matka Boża w chwale, czczona przez męczenników, natomiast w pendentywach są święci: Klemens, Ignacy Antiocheński, Cyprian oraz Polikarp. W dwóch lunetach znajdują się św. Agnieszka i Łucja, a na bocznych ścianach św. Szczepan oraz Wawrzyniec.
Kaplica Męki Pańskiej