Struktura W skład GUGiK-u wchodzi sześć departamentów oraz trzy biura: Departament Geodezji, Kartografii i Systemów Informacji Geograficznej Departament Informacji o Nieruchomościach Departament Informatyzacji i Rozwoju Państwowego Zasobu Geodezyjnego i Kartograficznego Departament Nadzoru, Kontroli i Organizacji Służby Geodezyjnej i Kartograficznej Departament Spraw Obronnych oraz Ochrony Informacji Niejawnych Departament Prawno–Legislacyjny Biuro Współpracy Zagranicznej Biuro Informacji Publicznej oraz Komunikacji Medialnej Biuro Obsługi Urzędu
Kierownictwo Andrzej Żylis – Główny Geodeta Kraju od 23 września 2025 Anna Bober – zastępca Głównego Geodety Kraju od 22 maja 2024 Beata Mastalerz – dyrektor Generalny Głównego Urzędu Geodezji i Kartografii od 8 lipca 2025
Przy GUGiK-u działa Komisja Standaryzacji Nazw Geograficznych poza Granicami Rzeczypospolitej Polskiej.
Finansowanie z budżetu państwa Wydatki Głównego Urzędu Geodezji i Kartografii są realizowane w części 18 budżetu państwa – Budownictwo, planowanie i