Był deputowanym z okręgu sieradzkiego na Sejm Królestwa Polskiego w 1820, 1825 i 1830Małgorzata Karpińska, Senatorowie, posłowie i deputowani Księstwa Warszawskiego i Królestwa Polskiego, Warszawa 2002, s. 53.. Jego ojciec, Józef, był również aktywny politycznie. Stanisław Kaczkowski należał do opozycji kaliskiej braci Wincentego i Bonawentury Niemojowskich. Ich polityczne koncepcje wzbogacił ideami ekonomicznymi o konieczności rozwoju handlu i zakładania fabryk.
W Kaliszu wydał Rzut oka na Żydów (1816) i Myśli o handlu naszym (1818). Postulował równouprawnienie Żydów i ich uaktywnienie zawodowe. W 1820 r. podpisał petycję by dobra rządowe sprzedawać wyłącznie chłopom i drugą w sprawie zakazu sprowadzania materiałów angielskich i wzięcia pod ochronę rodzimego przemysłu włókienniczego. W Chojnem 10–11 kwietnia 1825 grupa posłów opozycji kaliskiej odbyła naradę w sprawie przeciwdziałania decyzji króla Aleksandra I Romanowa o zniesieniu jawności obrad Sejmu. Działania Kaczkowskiego sprawiły, że 23 lutego 1826 w Chojnem aresztowali go carscy żandarmi i przewieźli do byłego klasztoru karmelitów w Warszawie.