Maltankę dwa razy podpalono. 26 marca 2000 r. wandale podpalili stację Zwierzyniec, która spłonęła doszczętnie. Niecałe dwa lata później – 21 marca 2002 r. został podpalony wagon odstawiony na pętli od strony stacji Maltanka.
W 2015 r. podano do publicznej wiadomości, że około 1/3 przychodów kolejki, tj. 13 tys. zł miesięcznie, przeznacza się na opłatę za przejazd przez teren niestanowiący własności kolejkiPrezydent postawił się biskupowi.. W tej sytuacji miasto porozumiało się z poznańską kurią archidiecezjalną w sprawie wymiany gruntów i przejęło nieruchomości pod torowiskiem kolejkiPoznań dogadał się z kurią. Miasto nie będzie płaciło za dziecięcą kolejkę (www.tvn24.pl).. Na przełomie 2017 i 2018 r. na kolejce przeprowadzono remont, w czasie którego wymieniono torowisko na większości linii z uwagi na jego zły stan. Wybudowano też dodatkowy przystanek przy Termach Maltańskich.
W XXI wieku w latach 2013–2021 kolejka przewoziła między 120 a 140 tysięcy pasażerów rocznie (najwięcej w 2016 r.: 142,7 tys.) i do 2016 roku była pod tym względem na drugim miejscu wśród wszystkich polskich kolei wąskotorowych, a później na trzecim, po kolejach: Nadmorskiej i Bieszczadzkiej. W latach 2022–2023 liczba pasażerów nieco spadła do ok.