W 1980 został członkiem warszawskiego Klubu Inteligencji Katolickiej. W 1981 został redaktorem w dziale historycznym „Tygodnika Solidarność”. Wchodził też w skład kolegium redakcyjnego pisma „Głos Wolny Wolność Ubezpieczający”. Od 1982 zajmuje stanowisko kierownika działu historycznego czasopisma „Więź”. W latach 1983–1984 przebywał w Wiedniu w ramach stypendium Fundacji im. Johanna Gottfrieda Herdera. Następnie prowadził w Londynie badania nad dziejami rządu polskiego i podziemia w kraju w latach II wojny światowej. Współpracował z wydawnictwami emigracyjnymi, szczególnie z „Zeszytami Historycznymi”.
W 1990 zatrudniony w Instytucie Studiów Politycznych PAN. Od 1998 wykładowca prowadzący zajęcia także m.in. w Collegium Civitas. Wybierany na członka korespondenta (2013) i członka rzeczywistego (2025) Polskiej Akademii Nauk. W 2020 został członkiem korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności. W 2000 został przewodniczącym zarządu Stowarzyszenia Archiwum Solidarności. Powoływany również w skład kolegium Europejskiego Centrum Solidarności oraz rady Muzeum Historii Polski w Warszawie.