Światowy Program Zdrowia thumb|Melinda Gates i Bill Gates Fundacja szybko uzyskała duży wpływ na światowe zdrowie i wprowadziła Światowy Program Zdrowia (). Przeznacza ona ok. 800 mln USD rocznie na światowe zdrowie, a suma ta jest zbliżona do rocznego budżetu (193 kraje) i jest porównywalna do środków pieniężnych przeznaczanych na walkę z chorobami zakaźnymi przez . Obecnie Fundacja dostarcza 17% (w 2006 r. 86 mln USD) światowego budżetu na cele zwalczania choroby Heinego-Medina.
Światowy Program Zdrowia wspiera także: związek – 25 stycznia fundacja przeznaczyła na ten cel 750 mln USD – fundacja przeznaczyła dotację w wysokości 10 mln USD dla instytutu jako wsparcie jego pracy nad lekarstwem na leiszmaniozę.
jest realizowany przez . 9 grudnia 2003 roku uzyskał on wsparcie Fundacji w wysokości 27 mln USD jako pomoc w szczepieniu przeciwko zapaleniu mózgu B
Departament Światowego Zdrowia Uniwersytetu Waszyngtońskiego Fundacja przekazała 30 mln USD na rzecz Departamentu Światowego Zdrowia Uniwersytetu Waszyngtońskiego w Seattle. Dotacja ma za zadanie wesprzeć m.in. edukację oraz światowe zdrowie. Prowadzone są także badania mające na celu poprawę dostępności do wyższego wykształcenia na świecie.