Ojciec poety – Joachim – urodził się około roku 1500. Był najpierw komornikiem ziemskim a później, koło 1570 roku podstolim lwowskim. Oprócz Mikołaja jego synami byli Jakub (urodzony przed rokiem 1555) i Wit (Witusz). Jakub został w 1582 także podstolim lwowskim. Wg biografa Szarzyńskiego cały żywot ojca poety przepełniony był procesami jakie toczył z magistratem lwowskim, z mieszczanami lwowskimi, zakonem Dominikanów, z krewnymi i współwłaścicielami Zimnej Wody. Nie odbywało się też bez wymierzania sprawiedliwości na własną rękę. W 1565 r. ojciec bierze udział w olbrzymim zajeździe na dobra arcybiskupie i najechał w 12 koni na włość Obroszyn na zachód od Zimnej Wody.
mały|Imaginacyjny portret Mikołaja Sępa Szarzyńskiego jako młodego poety, delikatnej budowy, z noweli historycznej Tarłówna wydanej w 1896 roku. W rzeczywistości żaden portret poety nie zachował się do naszych czasów. Mikołaj Sęp Szarzyński rodzi się kiedy jego ojciec ma ok. 50 lat, przypuszczalnie z zarodkami „choroby piersiowej” (gruźlicy). Trzykrotnie w swoich poezjach określa się jako osoba wątła: Pieśń III.