Później zaprzyjaźnił się z księdzem spowiednikiem, Antoninem z Przemyśla, który przybliżył poecie osobę Ludwika z Grenady oraz dbał o rozwój myśli filozoficzno-religijnej Mikołaja.
Twórczość Spuścizna literacka Zachowało się około 6 wierszy łacińskich i 72 polskie. Są to wiersze okolicznościowe, część z nich to erotyki (23) [ LVIII w numeracji wydania Chrzanowskiego – LXXVII oraz dwa wiersze do Jadwigi Tarłówny], część o tematyce religijnej. Sęp Szarzyński pisał poezję najprawdopodobniej w latach 1568–1581.
Jego dorobek literacki zebrany został przez Stanisława Starzechowskiego, który zmarł jednak w 1582. Sprawą wydania wierszy brata zajął się Jakub Sęp Szarzyński, który w 1601 ogłosił drukiem Mikołaja Sępa Szarzyńskiego rytmy, albo wiersze polskie. Po jego śmierci zebrane i wydane. R. P. 1601. Było to jednak wiele lat po śmierci brata i duża ilość pism zaginęła, a wiersze zostały przebrane przez duchownego, który przypuszczalnie nie dopuścił do wydania erotyków. Jakub Sęp Szarzyński pisał we wstępie do tego wydania, że:
W 1891 r. Aleksander Brückner odkrył XVI w. rękopis, w którym znajdowało się między innymi 5 znanych uprzednio utworów Szarzyńskiego oraz 21 innych erotyków.