Odnajdują windę, która umożliwia im ucieczkę, po czym uciekają z cytadeli pociągiem transportującym Stalkery. Kiedy wydostają się na powierzchnię, okazuje się, że City 17 zostało kompletnie zniszczone przez Kombinat. Na wielkim telebimie ukazuje się doktor Kleiner mówiący, żeby mieszkańcy uciekali z miasta. Po przejściu przez ulice opanowane przez mrówkolwy idą do szpitala, w którym oddziały Kombinatu walczą z zombie. Po stoczeniu walk dochodzą do Barneya, który prowadzi ich do buntowników, których trzeba ewakuować z miasta. Nagle atakuje ich oddział Kombinatu, który za wszelką cenę chce im przeszkodzić. Po ich pokonaniu Barney i rebelianci odjeżdżają pociągiem. Alyx i Gordon próbują zrobić to samo, lecz atakuje ich strider. Po walce również się ewakuują. Parę chwil później wybucha rdzeń cytadeli. Pociąg z bohaterami opuszcza miasto, jednak fala uderzeniowa wybuchu ich dogania i wykoleja wagony. Wydarzenia kontynuowane są w Half-Life 2: Episode Two.