Po początkowych sukcesach „Ruch” został rozbity przez wojska rządowe, a Alice Auma musiała po roku walk uciec do sąsiedniej Kenii. Później Alice Lakwena zdystansowała się od Josepha Kony, twierdząc, że Duch nie każe zabijać cywili oraz jeńców wojennych.

W międzyczasie Joseph Kony rozpoczął rekrutację pozostałych członków Armii Ludowo-Demokratycznej Ugandy (UPDA) oraz sympatyków Ruchu Ducha Świętego. W 1987 roku, gdy Alice Auma schroniła się w Kenii, Kony został nowym liderem. Utworzył on działającą do dziś na północy kraju organizację „Lord’s Resistance Army”. Podobnie jak Auma ogłosił, że we śnie objawił mu się duch, który nakazał mu zdobyć Ugandę, zniszczyć grzeszników i rządzić krajem według Dekalogu. Lord’s Resistance Army ma wątpliwy zaszczyt posiadania najmłodszych żołnierzy, pięciolatków zmuszonych do walki.

Do jednego z pierwszych masowych uprowadzeń doszło w 1987 roku, kiedy to LRA zaatakowało żeńską szkołę w miejscowości Gulu. Atak został powtórzony rok później;