Najważniejszym punktem sezonu 2005/2006 były igrzyska olimpijskie w Turynie. Bauer zdobył swój pierwszy medal wśród seniorów, zajmując drugie miejsce w biegu na 15 km techniką klasyczną. Wyprzedził go tylko broniący tytułu Estończyk Andrus Veerpalu, a trzecie miejsce zajął Niemiec Tobias Angerer. W pozostałych startach olimpijskich zajął dziewiąte miejsce w sztafecie, dziesiąte w biegu łączonym na 30 km i szesnaste na dystansie 50 km stylem dowolnym. W rywalizacji pucharowej trzykrotnie znalazł się w pierwszej dziesiątce, w tym 31 grudnia 2005 roku w Novym Měscie był drugi w biegu na 15 km techniką dowolną, a 7 stycznia 2006 roku w Otepää zajął drugie miejsce na tym samym dystansie techniką klasyczną. W klasyfikacji generalnej był tym razem dwudziesty. W sezonie 2006/2007 pierwszy raz od czterech lat nie stanął na podium indywidualnych zawodów PŚ. W zawodach tego cyklu wystartował tylko pięć razy, najlepszy wynik osiągając 18 listopada 2006 roku w Gällivare, gdzie był czwarty w biegu na 15 km stylem dowolnym. Nie wziął udziału w pierwszej edycji Tour de Ski. Mistrzostwa świata w Sapporo nie przyniosły mu medalu.