Sezon 2012/2013 W sezonie zimowym 2012/2013 startował głównie w Pucharze Świata, w większości występów zdobywając punkty. W pierwszej części sezonu najwyżej klasyfikowany był na 7. pozycji, którą zajmował w listopadzie 2012 w Lillehammer oraz w otwierającym 61. Turniej Czterech Skoczni konkursie w Oberstdorfie. W styczniu 2013 trafił do Pucharu Kontynentalnego, gdzie w czterech występach trzy razy zwyciężył, a raz zajął 2. lokatę.
W lutym 2013 powrócił do występów w Pucharze Świata, a na przełomie lutego i marca zadebiutował w najwyższej rangi zawodach mistrzowskich. Indywidualnie na Mistrzostwach Świata w Narciarstwie Klasycznym 2013 zajął 20. miejsce na skoczni normalnej i 15. na dużej. W drugiej serii konkursu drużynowego narta Fettnera odpięła się po lądowaniu na 128 m. Utrzymał on jednak równowagę, dzięki czemu nie stracił not za styl i reprezentacja Austrii, w której obok Fettnera wystąpili Wolfgang Loitzl, Thomas Morgenstern i Gregor Schlierenzauer, zdobyła złoty medal.
W drugiej połowie sezonu w Pucharze Świata najwyżej sklasyfikowany był na 15. miejscu, które zajął w marcu 2013 w Trondheim. Cały sezon 2012/2013 cyklu zakończył na 30. pozycji w klasyfikacji generalnej z 211 punktami.