Władze Kasą Rolniczego Ubezpieczenia Społecznego kieruje Prezes jako centralny organ administracji publicznej podległy ministrowi właściwemu do spraw rozwoju wsi. Prezesa Kasy powołuje i odwołuje Prezes Rady Ministrów, na wniosek tego ministra, złożony po zasięgnięciu opinii Rady Rolników. Na mocy art. 76 ustawy o ubezpieczeniu społecznym rolników, Prezes KRUS pełni z urzędu, pod nadzorem Rady Rolników, funkcje zarządu Funduszu Składkowego Ubezpieczenia Społecznego Rolników. Prezes KRUS może mieć jednego lub wielu zastępców. Zastępcę Prezesa Kasy powołuje i odwołuje minister właściwy do spraw rolnictwa na wniosek Prezesa złożony po zasięgnięciu opinii Rady Ubezpieczenia Społecznego Rolników.
Za realizację zadań przydzielonych poszczególnym strukturom Kasy odpowiadają przed Prezesem dyrektorzy Biur Centrali Kasy, dyrektorzy Oddziałów Regionalnych, kierownicy Placówek Terenowych oraz dyrektorzy innych jednostek organizacyjnych, tj.