Sąd cesarski z 1454 roku, którego rozstrzygnięcie było na rękę Krzyżakom, spowodował wybuch powstania w Prusach. Tajna Rada Związku Pruskiego wypowiedziała posłuszeństwo wielkiemu mistrzowi, zawiązała konfederację i poprosiła króla polskiego o pomoc. 6 marca 1454 Kazimierz IV Jagiellończyk wydał akt inkorporacji, który stał się pretekstem do wojny trzynastoletniej. W początkowym okresie konfliktu strona zakonna posiłkowana przez wojska zaciężne odnosiła zwycięstwa. Problemy finansowe zakonu podczas trwania działań wojennych spowodowały jednak, że Ludwig von Erlichshausen stał się więźniem własnej armii.
Wojska zaciężne na służbie wielkiego mistrza, które domagały się zapłaty żołdu dwukrotnie brały go na zakładnika. W konsekwencji doprowadziło to w 1457 roku do wygnania go z Malborka i sprzedaży zamku przez najemników królowi polskiemu. Po tym wydarzeniu von Erlichshausen przez krótki okres ukrywał się na Pomorzu, aby później z Gniewu przekraść się do Królewca. Tam w 1463 próbował jeszcze nieudanego kontruderzenia na Żuławy, które zakończyło się klęską zakonu w bitwie na Zalewie Wiślanym.