W sierpniu 2008 budynek dworca został wpisany do rejestru zabytków. W tymże też roku rozpoczęto modernizację stacji, która obejmowała m.in. przebudowę hali Dworca Głównego, zadaszenie peronów i zmiany w systemie sterowania ruchem kolejowym. W trakcie prac, w 2011 odkryta została murowana ściana dworca z 1926, o długości ok. 5 metrów. Została ona zachowana i wkomponowana w odnowione wnętrza.
6 czerwca 2012 oficjalnie otwarto zmodernizowany budynek dworca. Inwestycja kosztowała 40,7 mln złotych, a sfinansowana została częściowo z unijnych funduszy.
W 2020, w trzecim od 2018 przetargu wyłoniono projektanta i wykonawcę remontu wykorzystywanego przez SKM Dworca PodmiejskiegoDworzec Podmiejski w Gdyni ma odzyskać dawny blask. Dwie oferty za ponad 60 mln zł. Będzie nim konsorcjum firm T4B i MAXTO Technology, którego oferta (62,361 mln zł) o niemal 3 miliony złotych przekraczała założony przez PKP SKM budżet (59,409 mln zł). Prace budowlane rozpoczną się jesienią 2021 i mają zostać zakończone do marca 2023. W wyremontowanym gmachu powstanie centrum zarządzania monitoringiem oraz systemem informacji pasażerskiej. Umowę na realizację inwestycji podpisano 11 lutego 2021Dworzec Podmiejski w Gdyni Głównej do marca 2023 r.