Później, mimo innych problemów ze zdrowiem, napastnik zdołał wystąpić w 23 meczach, strzelając w nich 11 goli. Po raz drugi wywalczył z klubem dublet.
W rozgrywki 2005/2006 Bayern znów triumfował w lidze i Pucharze Niemiec, w czym udział miał Claudio Pizarro – zdobywca 11 bramek. Kolejny sezon (2006/2007) był dla „Bawarczyków” najbardziej nieudany od lat. Drużyna z Monachium zajęła w tabeli dopiero 4. miejsce i nie zakwalifikowała się do Ligi Mistrzów. Na początku 2007 roku na stanowisko trenera powrócił Ottmar Hitzfeld. Pizarro często rozpoczynał mecze na ławce rezerwowych, ustępując miejsca Lukasowi Podolskiemu. Zaledwie 8 goli było najgorszym wynikiem Peruwiańczyka w Bundeslidze. Głośno dawał wyraz swojemu niezadowoleniu z powodu utraty miejsca w podstawowym składzie.
19 maja 2007, w ostatnim meczu sezonu, Claudio Pizarro strzelił swoją setną bramkę w 1. Bundeslidze, stając się 45. zawodnikiem w historii, któremu udała się ta sztuka. Poza nim dokonało jej zaledwie czterech obcokrajowców: Giovane Élber (Brazylia) – 133 Robert Lewandowski (Polska) – 149 Stéphane Chapuisat (Szwajcaria) – 106 Ailton (Brazylia) – 106