Powrót do Bundesligi Pizarro nie zdołał przebić się do podstawowej jedenastki Chelsea F.C. Jego rywalami byli jednak gracze tej klasy, co Didier Drogba, Salomon Kalou, Andrij Szewczenko czy Nicolas Anelka. Latem 2008 włodarze klubu podjęli decyzję o rocznym wypożyczeniu Peruwiańczyka do jego dawnego klubu, Werderu Brema. Stworzył w nim duet napastników ze Szwedem Markusem Rosenbergiem. Odzyskał skuteczność – w rundzie jesiennej zdobył 10 bramek w lidze. Ustrzelił także swojego drugiego hat-tricka w Bundeslidze. 18 sierpnia 2009 został sprzedany do Werderu Brema, kwota nie została ujawniona.
W maju 2012 postanowił odejść z Werderu Brema i nie przedłużać wygasającego w czerwcu 2012 roku kontraktu. Latem tegoż roku zdecydował się wrócić do Bayernu Monachium.
Pizarro jest aktualnie drugim najskuteczniejszym obcokrajowcem pod względem liczby zdobytych goli w historii Bundesligi, strzelił 195 bramek, co jest także 6. wynikiem w klasyfikacji wszech czasów.
29 sierpnia 2015 Claudio Pizarro został pożegnany przez 75 tysięcy fanów Bayernu Monachium.