Po ujawnieniu nagrania rozmowy w tej sprawie zawiesił swoje członkostwo w Platformie Obywatelskiej, a następnie z niego zrezygnował.
W styczniu 2009 prokurator przedstawił mu osiem zarzutów, m.in. korupcyjnych, składając wniosek o zastosowanie tymczasowego aresztowania, który nie został uwzględniony przez sąd. Jacek Karnowski poparł pomysł zorganizowania referendum lokalnego w przedmiocie jego odwołania. Wniosek, pod którym podpisało się ponad 4,5 tysiąca osób, złożyła w Krajowym Biurze Wyborczym w Gdańsku grupa obywatelska. Wcześniej (pod koniec lutego) projekt uchwały w przedmiocie takiego referendum przygotowali radni PO, lecz potem zrezygnowali z jego przegłosowania. Datę referendum wyznaczono na 17 maja 2009. W głosowaniu osiągnięto wymagany próg frekwencji (ok. 40%), spośród głosujących większość ok. 62% opowiedziała się przeciwko odwołaniu Jacka Karnowskiego z zajmowanego stanowiska.