Inny podział miał miejsce 5–6 milionów lat temu. Powstały wtedy prawdopodobnie linie prowadzące do dwóch współczesnych gatunków leniwiec pstry i leniwiec trójpalczasty. Kontrowersyjna pozostaje natomiast kwestia pochodzenia ostatniego z gatunków, leniwca karłowatego, spotykanego wyłącznie na niewielkiej wyspie u wybrzeży Panamy. Gatunek wydzielono z leniwca pstrego w 2001, początkowo z uwagi na mniejszy rozmiar. Później przeprowadzone badania genetyczne potwierdziły istotne różnice pomiędzy leniwcem pstrym i karłowatym. Szacowany czas rozejścia się linii wypadł 8 milionów lat temu, a więc jeszcze przed rozejściem się linii leniwca pstrego i trójpalczastego. Krytycy wskazali jednak, że w badaniach porównywano materiał genetyczny przedstawicieli leniwca karłowatego oraz leniwców pstrych z okolic oddalonych od Panamy. Kolejne badania z wykorzystaniem przedstawicieli leniwca pstrego z obszaru leżącego niedaleko miejsca życia leniwca karłowatego nie potwierdziło poprzednich różnic. W efekcie niektórzy badacze kwestionują nawet wyróżnianie leniwca karłowatego jako odrębnego gatunku.