11 kwietnia 1990, przed faktycznym rozpoczęciem prac przez komisję, ukazał się w „Gazecie Wyborczej” artykuł Teczki pełne raportów, w którym wiceminister spraw wewnętrznych Krzysztof Kozłowski wypowiedział się przeciwko ujawnieniu teczek operacyjnych i kartotek dotyczących współpracowników Służby Bezpieczeństwa, przekonując o potrzebie ochrony wskazanych w nich osób przed utratą dobrego imienia i o braku wartości historycznej tych akt. Akta te były ponownie niszczone na wiosnę 1990.

Prace Zespół pracował od 12 kwietnia do 27 czerwca 1990 i uzyskał bezpośredni dostęp do archiwów MSW. Odbył osiem posiedzeń, za każdym razem w asyście pracownika archiwum MSW. Ajnenkiel szacował, że prace komisji zajęły łącznie zaledwie kilkanaście godzin.

Pierwsze zebranie odbyło się z zaproszenia ministra Samsonowicza 12 kwietnia 1990 w gabinecie wiceministra Kozłowskiego i komisja sformułowała na nim jednostronicowy dokument apelujący o przestrzeganie wydanego przez MSW 31 stycznia zakazu niszczenia akt, włącznie z zawieszeniem ich brakowania.