Postępująca modernizacja kopalni – zastępowanie koni maszynami parowymi i elektrycznymi, tradycyjnych narzędzi – elektrycznymi oraz materiałami wybuchowymi spowodowała wyeksploatowanie większości złoża do lat 90. XX wieku, a co za tym idzie związanej z tym nieopłacalności wydobycia nastąpiło zaniechanie produkcji na skalę przemysłową.
W 1981 roku wpisano historyczne wyrobiska do rejestru zabytków. Kopalnia stopniowo przekształciła się w obiekt turystyczny i leczniczy. Rozpoczęto planowanie likwidacji niezabytkowej części kopalni.
Likwidacja kopalni Kopalnia bocheńska osiągnęła głębokość 468 metrów. Dalszą eksploatację kopalni uznano za nierentowną i w 1990 roku zaprzestano wydobywania soli. Rozpoczęto podsadzanie najgłębszych, a zarazem najmłodszych wyrobisk kopalni, które nie stanowiły większej atrakcji turystycznej. Oszczędzono jedynie część zabytkową z zamiarem wyeksponowania jej do celów turystycznych. Zachowano istniejące szyby – Sutoris, Campi i Trinitatis. Wcześniej, w latach 1960–1970 zlikwidowano historyczne szyby Floris i Regis.