Po powrocie do kraju szybko uzyskiwał kolejne beneficja kościelne. Był archidiakonem lubelskim, kanonikiem krakowskim, prepozytem sandomierskim, opatem komendatoryjnym mogilskim (od 1613). Jako opat odnowił i rozbudował świątynię w Mogile. Od 1614 archidiakon warszawski.
Był sekretarzem króla Zygmunta III Wazy, specjalizującym się zwłaszcza w sprawach włoskich.
W 1619 nominowany przez monarchę biskupem przemyskim, prowizję papieską otrzymał 17 lutego 1620. Sakrę przyjął z rąk prymasa Wawrzyńca Gembickiego. Odbył w biskupstwie przemyskim synod diecezjalny w 1621, zarządził przeprowadzenie wizytacji kanonicznej, często uczestniczył w posiedzeniach kapituł. Odzyskał także na terenie diecezji kilka świątyń z rąk innowierców.
13 maja 1624 został przeniesiony na biskupstwo poznańskie. Rządy objął w niej 1 lipca 1624 i sprawował do maja 1627.
22 marca 1627 został arcybiskupem gnieźnieńskim i prymasem Polski. Diecezją rządził gorliwie, rezydując w Łowiczu kontaktował się z kapitułą i konsystorzem za pomocą licznych listów. Jako metropolita zwołał dwa synody prowincjonalne. Na synodzie w 1628 uchwalono kontrybucję na cele wojenne oraz rozpatrywano kwestii kościelnych.