W terenie zorganizowano piętnaście WUBP oraz ponad dwieście analogicznych jednostek na poziomie powiatu.

Od marca 1946 terenowe jednostki UB wraz z oddziałami LWP, KBW, WOP, MO i ORMO podporządkowane były wojewódzkim komisjom bezpieczeństwa, podległym Państwowej Komisji Bezpieczeństwa.

W lipcu 1946 dokonano podziału Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego na osiem departamentów, z których pięć zajmowało się sprawami operacyjnymi: I – kontrwywiadem, II – operacjami technicznymi i technologią, III – walką z opozycją, IV – ochroną gospodarki, oraz V – przeciwdziałaniem infiltracji i zwalczaniem wpływów Kościoła.

Na początku 1948 roku powołano Departament VII, zajmujący się wywiadem ogólnym, a w czerwcu następnego roku powstało Ściśle Tajne Biuro do spraw Funkcjonariuszy, czyli wewnętrzna sekcja kontrwywiadowcza, mająca śledzić i kontrolować pracowników ministerstwa. 24 lutego 1949 powołano Komisję Biura Politycznego KC PZPR ds. Bezpieczeństwa Publicznego, która z ramienia PZPR nadzorowała i inspirowała aparat represji stalinowskich w Polsce, w tym całą strukturę MBP. 2 marca 1950 roku powstało Biuro Specjalne, przemianowane w listopadzie 1951 roku na Departament X.