Prezbiter W 1975 wyjechał na misję do Rwandy. Pełnił tam funkcje duszpasterza, proboszcza, animatora duszpasterstwa rodzinnego, organizatora sesji formacji apostolstwa świeckich, promotora apostolstwa słowa drukowanego. W 1978 założył w Kigali Centrum Zdrowia Gikondo, a także Rwandyjską Akcję Rodzinną mającą na celu upowszechnianie naturalnych metod planowania rodziny. Był przewodniczącym Związku Stowarzyszonych Ośrodków Medycznych w Kigali, a także kierownikiem Centrum Monitoringu Epidemii AIDS, programu opieki psychomedycznej i socjalnej chorych na AIDS. Przez kilka lat pełnił funkcję sekretarza komisji ds. zdrowia oraz komisji ds. rodziny rwandyjskiego episkopatu. Zarzuca się mu, że w tym czasie był „częścią establishmentu” reżimu Rwandy, aczkolwiek na jego obronę przytaczany jest argument, że w tym czasie nie piastował żadnego ważnego stanowiska w strukturach kościelnych w Rwandzie i nie miał realnego wpływu na sytuację w tym kraju. W czasie ludobójstwa (kwiecień–lipiec 1994) nie był obecny w Rwandzie. We wrześniu 1993 wyjechał z niej w celu odbycia roku formacyjnego. Przebywał w Jerozolimie, następnie na stażu ultrasonografii w Szpitalu Bródnowskim w Warszawie, w końcu na intensywnym kursie języka włoskiego w Rzymie.