Ostatnie dwie postaci – Frog i Magus – pochodzą odpowiednio z 600 i 12 000 roku p.n.e. Frog (z ang. Żaba), znany wcześniej jako Glenn, jest byłym giermkiem Cyrusa, który został zabity przez potężnego maga Magusa, a samego Glenna zamienił w antropomorficzną żabę. Pogrążony w żalu Frog poświęca swoje życie pomszczeniu Cyrusa i ochronie Leene, królowej krainy Guardia, której służył Cyrus. Guardia z 600 roku, reprezentująca ludzkość, jest w stanie wojny z kierowaną przez Magusa organizacją Mystics (Fiends w wersji na Nintendo DS), która zrzesza inteligentne rasy przypominające wyglądem demony czy zwierzęta. Magus znany był jako Janus – młody książę Królestwa Zeal. Królestwo to zostaje zniszczone przez Lavosa w 12 000 roku p.n.e., a sama postać zostaje przeniesiona do przyszłości. Magus, starzejąc się, planuje zemstę przeciwko Lavosowi. Lavos, który budzi się i doszczętnie niszczy świat w 1999 roku, jest inteligentną obcą formą życia, żywiącą się DNA i energią Ziemi, aby rozwijać się i rosnąć w siłę.