Trójka bohaterów przyrzeka odnaleźć sposób, aby zapobiec destrukcji ich świata.

Po spotkaniu i naprawieniu Robo, Crono i jego przyjaciele rozpoczynają podróż w czasie, w towarzystwie Gaspara – starego mędrca przebywającego na Końcu Czasu, w celu zdobycia większej ilości sojuszników, przedmiotów i informacji, aby podołać w walce z Lavosem. Ich grupa poszerza się o dwójkę bohaterów, Aylę i Froga. Wkrótce dowiadują się, iż Lavos był obcym stworzeniem, które zderzyło się z ziemią i zaczęło absorbować DNA oraz energię wszystkich istot żyjących na planecie, aby mieć wystarczające siły, by powstać i zniszczyć planetę w 1999. Obecność Lavosa została jednak odkryta przez Królową Zeal, należącą do Oświeconych, w 12 000 roku p.n.e. Królowa wierzyła, iż może wezwać Lavosa i wykorzystać jego moc, by osiągnąć nieśmiertelność, co w konsekwencji wysłało jej syna, Janusa oraz trzech mędrców – Gaspara, Melchiora i Baltazara w podróż w czasie.