Po zebraniu wystarczającej ilości mocy, Crono i pozostali bohaterowie atakują Lavosa i są w stanie go pokonać, tym samym ratując przyszłość ich świata.
Rozgrywka Chrono Trigger zawiera standardowe elementy rozgrywki jRPG z wieloma innowacjami. Gracz kontroluje protagonistę gry wraz z jego kompanami w dwuwymiarowej fikcyjnej rzeczywistości, na którą składa się wiele światów w różnych epokach. Nawigacja między lokacjami odbywa się na widzianej z góry dużej planszy przedstawiającej krajobraz świata. Same lokacje, takie jak lasy, miasta, lochy itp., przedstawiono w postaci bardziej realistycznych i szczegółowych map, na których gracze mogą rozmawiać z bohaterami niezależnymi, aby nabywać przedmioty lub usługi, rozwiązywać zagadki i zadania, czy walczyć z przeciwnikami. Rozgrywka Chrono Trigger różni się od typowej rozgrywki gry fabularnej w zakresie walk, gdzie zamiast losowych potyczek gracz widzi zwykle większość przeciwników znajdujących się na mapie.