2 września 1987 roku rozpoczął się proces przeciwko niemu w Moskwie. Zarzucono mu między innymi: chuligaństwo, złamanie prawa lotniczego oraz nielegalne przekroczenie granicy ZSRR. Rust został skazany na 4 lata w obozie pracy.
Konsekwencje ze strony sekretarza generalnego KC KPZR Michaiła Gorbaczowa dotknęły także ówczesnego ministra obrony Siergieja Sokołowa, dowódcę Wojsk Obrony Przeciwlotniczej Kraju Aleksandra Kołdunowa, którzy zostali zdymisjonowani, oraz ponad 2000 niższych rangą oficerów, którzy dopuścili się zaniedbania swoich obowiązków i niewykrycia obcego samolotu nad terytorium Związku Radzieckiego. Nie jest tajemnicą, że Sokołow i Kołdunow oraz pozostali zdymisjonowani byli przeciwnikami reform Gorbaczowa, a zwłaszcza pieriestrojki. Po ogłoszeniu wyroku z obawy o bezpieczeństwo więźnia nie został wysłany do ciężkich prac – postanowiono osadzić skazanego w moskiewskim więzieniu Lefortowo, gdzie spędził 432 dni. Następnie został zwolniony warunkowo. Na wniosek Przewodniczącego Prezydium Rady Najwyższej Andrieja Gromyki zezwolono mu na powrót do kraju, co nastąpiło 3 sierpnia 1988 roku.