15 marca 1939 został (pierwszym i ostatnim) prezydentem Karpato-Ukrainy. Na ten urząd został zaprzysiężony w Chuście o godzinie 12. Niemal natychmiast nadeszła wiadomość o wkroczeniu na teren Karpato-Ukrainy wojsk węgierskich. Adolf Hitler, mimo iż kilka godzin wcześniej dał przyzwolenie na niepodległość nowego państwa, teraz odmówił udzielenia pomocy i wezwał do niestawiania oporu wkraczającym wojskom węgierskim. Po uzyskaniu odmowy na prośbę o udzielenie pomocy ze strony Rumunii, ok. godziny 18 ks. Wołoszyn wraz z członkami rządu opuścił Chust i 16 marca 1939 schronił się w Rumunii, co oznaczało de facto koniec pełnienia funkcji prezydenta Karpato-Ukrainy.
Okres II wojny światowej spędził w Pradze jako profesor pedagogiki, kierownik katedry pedagogiki, prodziekan wydziału filozoficznego, wreszcie rektor Wolnego Uniwersytetu Ukraińskiego. 21 maja 1945 został tam aresztowany przez Smiersz i wywieziony do Moskwy. Przetrzymywany w więzieniu Lefortowo, w lipcu 1945 zmarł w więzieniu Butyrki, według oficjalnej wersji na zawał.
15 marca 2002 odznaczony pośmiertnie przez prezydenta Łeonida Kuczmę tytułem Bohatera Ukrainy.