Oskarżona została o to „że pełniąc funkcję szefa łączności Konspiracyjnej Komendy Głównej „działała w zamiarze usunięcia przemocą Krajowej Rady Narodowej, zagarnięcia jej władzy i zmiany ustroju Państwa Polskiego, brała udział w nielegalnych związkach „Narodowe Zjednoczenie Wojskowe” a następnie „Narodowy Związek Zbrojny””. Po 19-miesięcznym śledztwie 3 listopada 1947 r. została skazana przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie na karę 10 lat pozbawienia wolności. Była więziona kolejno w siedzibie Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, w więzieniu na Mokotowie, w Fordonie, Inowrocławiu i ponownie w Fordonie. Zwolniono ją 5 kwietnia 1956 r.
thumb|Zdjęcie sygnalityczne Ruty Czaplińskiej wykonane w trakcie pobytu w więzieniu w Bydgoszczy
Po odbyciu kary podjęła studia na Wydziale Biologii Uniwersytetu Łódzkiego, które ukończyła na Uniwersytecie Wrocławskim. Następnie pracowała w administracji Instytutu Matematycznego PAN oraz jako starszy redaktor i tłumacz w wydawnictwie Politechniki Wrocławskiej. Była wieloletnią współpracowniczką matematyka prof. Hugona Steinhausa. W latach 1981–1985 zaangażowała się w działalność Arcybiskupiego Komitetu Charytatywnego we Wrocławiu.