I rejs bojowy Pierwszym dowódcą i autorem nazwy okrętu „Komet” został komandor Robert Eyssen, który przed wojną pływał po wodach polarnych na statku badawczym „Meteor”. Jako obszar operacyjny wyznaczono mu południowy Pacyfik i Atlantyk, a następnie – rejon AustraliiR. Kaczmarek: Korsarski..., s. 32–39.. W ramach porozumienia Niemiec z ZSRR, miał się udać tam przez tzw. Przejście Północno-Wschodnie – na północ od ZSRR, radzieckimi wodami terytorialnymi, co było możliwe tylko latem (stronie radzieckiej nie ujawniano przeznaczenia jednostki).
Przejście drogą północną W pierwszy rejs bojowy „Komet” wypłynął z Gdyni 3 lipca 1940 i przeszedł w eskorcie trałowców M 17 i M 18 7 lipca do Bergen, gdzie uzupełnił paliwo ze zbiornikowca „Esso”. Po ponad miesięcznym oczekiwaniu na Morzu Barentsa, w drugiej połowie sierpnia „Komet” przeszedł drogą północną na wschód, z pomocą radzieckich lodołamaczy „Lenin”, a następnie „Stalin” i „Łazar Kaganowicz”. Za przeprowadzenie okrętu Rosjanie zażądali zapłaty 950.000 marek (równowartość 130.000 dolarówJohn Asmussen, Hilfskreuzer (Auxiliary Cruiser) Komet [dostęp 2010-10-16].). 5 września „Komet” przeszedł na południe przez Cieśninę Beringa.