Cesarz elekt został przez tłum podniesiony do góry i zaniesiony najpierw do Hagia Sofia, a potem do pałacu Bukoleon.
Koronacja odbyła się 16 maja 1204. Baldwina wyprowadzono z Bukoleonu i zaniesiono do Hagia Sofia. Tam ubrano go w strój koronacyjny składający się z krótkich, jedwabnych spodni, chitonu ze złotymi guzikami oraz tkanego złotem palium. W tym stroju poprowadzono Baldwina przed ołtarz. Tam hrabia Ludwik I z Blois wręczył mu sztandar, a Hugon z Saint-Pol miecz. Markiz Bonifacy w asyście dwóch biskupów oczekiwał na Baldwina z koroną. Ten podszedł do ołtarza, uklęknął, zdjęto z niego chiton i palium, biskupi wzięli od markiza koronę, pobłogosławili ją i włożyli na głowę Baldwina. Na szyi zawiesili mu wielki kamień, zakupiony jeszcze przez Manuela I. Z berłem i jabłkiem w ręku zasiadł na tronie i wysłuchał mszy. Następnie wsiadł na białego konia i pojechał do Bukoleonu, gdzie zasiadł na cesarskim tronie, dopełniając bizantyjskiego ceremoniału. Po koronacji cesarz wysłał list do papieża Innocentego, opisując przebieg krucjaty.
Żona Baldwina Maria, nieświadoma przebiegu IV wyprawy krzyżowej, dopłynęła do Akki, gdzie dotarły do niej wiadomości o koronacji męża. Zmarła na zarazę w sierpniu 1204, zanim dotarła do Konstantynopola.