Ponieważ los cesarza był nieznany, jego młodszy brat Henryk objął regencję. W połowie lipca 1205 potwierdzona została śmierć Baldwina w niewoli, choć jej okoliczności pozostają do dziś niejasne. Według listu, który car Kałojan napisał do papieża Innocentego III, Baldwin zmarł w niewoli z przyczyn naturalnych. Ludowa legenda bułgarska głosi, że przyczyną śmierci cesarza był romans z żoną cara Kałojana. Zdradzony car rozkazał obciąć Baldwinowi ręce i stopy i zrzucić do wąwozu. Według innej hipotezy Kałojan rozkazał egzekucję więźnia w ataku furii po rewolcie mieszkańców Philippopolis, którzy przekazali miasto Frankom. Jedna z wież twierdzy Wielkiego Tyrnowa nosi wciąż nazwę „Wieży Baldwina”.
Dzieci i następcy Brat Baldwina, Henryk, objął regencję w lipcu 1205, a w sierpniu tego roku został koronowany na cesarza. Drugi brat, Filip z Namur, pełnił funkcję regenta hrabstwa Flandrii aż do osiągnięcia pełnoletniości przez córki Baldwina, Joannę i Małgorzatę.
Fałszywy Baldwin W 1225 we Flandrii pojawił się człowiek Bertrand z Ray, podający się za zmarłego Baldwina. Jego obecność spowodowała niepokój w hrabstwie, a nawet zamieszki przeciwko rządom córki Baldwina, Joanny.