Wówczas część ludności albańskiej została mylnie (ze względu na wyznawaną religię – islam) wysiedlona do Turcji, gdzie zmuszono ją do zmiany nazwisk na tureckie i osiedlono na obszarach zamieszkiwanych do roku 1924 przez Greków i Ormian.
W okresie II wojny światowej po zwycięstwie państw osi nad Jugosławią w roku 1941 Prisztina weszła w skład kontrolowanej przez Włochy Wielkiej Albanii. W tym okresie ludność serbska, żydowska i romska miasta była masowo wysiedlana w ramach czystek etnicznych. Sytuacja uległa zaostrzeniu po wycofaniu się Włoch z koalicji w 1943 roku. Kontrolę nad miastem przejęli wówczas Niemcy, którzy do dalszych prześladowań użyli powołaną przez siebie jednostkę Waffen SS „Skanderbeg”. W dniu 14 maja 1944 roku jej oddziały splądrowały domy prisztińskich Żydów, ich samych mordując na miejscu lub wysyłając do obozów zagłady. Podobny los spotkał większość serbskich mieszkańcówSerbianna: Carl Savich..
Po wojnie Prisztina stała się stolicą autonomicznego okręgu Kosowa, a od roku 1963 Autonomicznej Prowincji Kosowa i Metochii, która w 2008 ogłosiła niepodległość.