Nie mając innego wyjścia, naglony przez niepewne zachowanie stryja, Zygmunt III podpisał 19 lutego 1594 królewskie zaręczenie, w którym przyrzekał stanom szwedzkim zachować wolność religijną dla wyznania augsburskiego. Na jego mocy katolikom zabroniono publicznego praktykowania swojej religii. Dochodziło wówczas do wielu gorszących ekscesów, gdy świta króla wdawała się w bójki z luteranami.
Po podpisaniu tego aktu został uroczyście, w obecności żony, Anny Habsburżanki, koronowany na króla Szwecji w katedrze w Uppsali. W lipcu 1594 opuścił Szwecję i popłynął do Gdańska. Na czas swojej nieobecności regencję powierzył Karolowi Sudermańskiemu i senatorom.
Regent podjął wiele działań sprzecznych z wolą monarchy. 18 maja 1595 zawarł z Rosją traktat w Tiawzinie, odstępując jej część Finlandii (Keksholm), odwołał też z teatru wojny admirała Fleminga, jednego z najwierniejszych stronników Zygmunta.