Geneza Najczęściej powstają w warunkach średnich lub wysokich ciśnień (0,6–0,8 Gpa) i temperatur rzędu 500–700 °C. Część gnejsów jest produktem mylonityzacji kwaśnych skał magmowych (granitów albo ryolitów) stanowiących pod względem genetycznym mylonity lub blastomylonity jak np. gnejs oczkowy. Wiele odmian gnejsów powstaje w wyniku metasomatozy obejmującej bardzo różne typy skał wyjściowych (protolitów) np. łupki ilaste, piaskowce, kwarcyty, skały magmowe zasadowe i ultrazasadowe, oraz skały metamorficzne jak np. łupek mikowy. Znane są także gnejsy migmatyczne stanowiące ogniwo pośrednie między gnejsami a migmatytami powstałymi w warunkach ultrametamorfizmu. Niektóre także tworzą przejścia do amfibolitów jak gnejsy amfibolowe. Gnejsy powstałe w wyniku przeobrażenia skał magmowych, to ortognejsy, natomiast ze skał osadowych – paragnejsy.