Prowadzenie utracił na siedemnastym etapie kończącym się w Dolomitach, ostatecznie zajmując czternastą pozycję w klasyfikacji końcowej.Tour de France 1998 zakończył się po tygodniu w związku z tzw. aferą Festiny - odkryciu masowego oszustwa dopingowego wśród kolarzy, gdzie w centrum zdarzeń znalazł się aktualny zespół Alexa Zülle. Po dobyciu kary, kolarz przeszedł do drużyny Banesto, jednak nigdy nie powtórzył wcześniejszych sukcesów. Ostatnią, poważną próbę wygrania wieloetapowego wyścigu podjął w roku 2000 podczas wyścigu Vuelta a España. Wygrał wówczas otwierającą cały wyścig 13-kilometrową jazdę na czas w Maladze i przez kolejne osiem dni utrzymywał się na prowadzeniu.
Schyłek kariery Ostatni znaczący sukces w karierze Zülle odniósł jako zawodnik niemieckiej drużyny Team Coast. W 2002 roku rozpoczął sezon od drugiego miejsca w Volta ao Algarve, a potem zwyciężył w Volta a la Comunitat Valenciana. Brał także udział w wyścigach Tour de Romandie oraz Tour de Suisse. W kwietniu 2003 roku w związku z pogłębiającymi się problemami finansowymi zespołu Coast, Alex Zülle przeszedł do szwajcarskiej drużyny Phonak.