W Chełmnie udało mu się otworzyć prywatną klinikę „dla chorób ocznych, chirurgicznych i kobiecych”.
W 1881 roku ubiegał się o katedrę chirurgii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie, jednak dzięki poparciu Theodora Billrotha stanowisko to uzyskał Jan Mikulicz-Radecki.
Dopiero w 1887 roku został powołany na tę katedrę, gdy Mikulicz przeniósł się do Królewca. W 1891 roku nabył dwór z parkiem i ogrodem w Mydlnikach koło Krakowa. W 1897 otrzymał propozycję objęcia stanowiska kierownika nowej katedry i kliniki chirurgii Uniwersytetu Lwowskiego. Od 1897 profesor na Uniwersytecie Lwowskim.
Był jednym z najwybitniejszych ówczesnych polskich, a także światowych chirurgów. Dnia 16 listopada 1880 roku przeprowadził pierwszy w Polsce (a drugi na świecie) zabieg wycięcia odźwiernika z powodu raka żołądka, a w 1881 pierwszy w świecie zabieg resekcji żołądka z powodu owrzodzenia. W 1884 wprowadził nową metodę chirurgicznego leczenia choroby wrzodowej żołądka i dwunastnicy za pomocą zespolenia żołądkowo-jelitowego.
Rydygier był autorem (1900) oryginalnej metody usuwania gruczolaka gruczołu krokowego i wielu innych technik operacyjnych.