W czasie I wojny światowej kierował szpitalem wojskowym w Brnie. Po zakończeniu wojny powrócił do Lwowa. Walczył w jego obronie przed Ukraińcami w listopadzie 1918. W trakcie walk o Lwów włączył się w tworzenie służb medyczno-sanitarnych Wojska Polskiego. Został do niego przyjęty w stopniu generała podporucznika. W 1920 rozpoczął organizowanie szpitali wojskowych. Był szefem sanitarnym Dowództwa Okręgu Generalnego „Pomorze”. Konsultant i naczelny chirurg Dowództwa „Wschód”. W 1920 zweryfikowany jako generał brygady.
Zmarł nagle na zawał serca 25 czerwca 1920 roku. Został pochowany początkowo na cmentarzu Łyczakowskim; szczątki przeniesiono później do kwatery dowódców na Cmentarzu Obrońców Lwowa.
Upamiętnienie Imię Ludwika Rydygiera noszą m.in. Szpital Powiatowy w Chełmnie, Wojewódzki Szpital Specjalistyczny w Krakowie, Wojewódzki Szpital Zespolony w Toruniu, szpital ginekologiczno-położniczy w Łodzi, szpital miejski w Częstochowie i Szpital Wojewódzki w Suwałkach. Do lat 70. XX w. nosił je Szpital Powiatowy w SłubicachSzpital Powiatowy w Słubicach.. Do 1982 roku imię Ludwika Rydygiera nosił Szpital Miejski w KutnieK. Koszada, H. Lesiak, E. Świątkowska, Szpital Kutnowski 1840-2005, Kutno 2005., a w latach 1949–2004 Szpital im. Ludwika Rydygiera we Wrocławiu.