Zjazd Walny wybiera Prezesa Zrzeszenia oraz członków: Rady Naczelnej, Głównej Komisji Rewizyjnej oraz Sądu Koleżeńskiego.
W przerwach między zjazdami najwyższą władzą ZKP jest Rada Naczelna. Rada Naczelna powołuje i odwołuje Zarząd Główny, który jest proponowany przez Prezesa Zrzeszenia. Zarząd Główny co roku składa sprawozdanie z działalności przed członkami w celu uzyskania absolutorium RN. Do roku 2000 dzisiejsza Rada Naczelna nosiła nazwę Zarządu Głównego, zaś obecny Zarząd Główny nosił nazwę Prezydium Zarządu Głównego. Od tego czasu szef całej organizacji tytułuje się Prezesem Zrzeszenia Kaszubsko-Pomorskiego (a nie Zarządu Głównego ZKP, jak to miało miejsce wcześniej)C. Obracht-Prondzyński, op. cit., s. 380-381..
Poza oddziałami w Zrzeszeniu działają także kluby studenckie i kluby tematyczne, skupiające członków ze względu na zainteresowania: Klub Studencki „Pomorania” w Toruniu - zrzeszający studentów Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Klub Studencki „Pomorania” w Krakowie - zrzeszający studentów Uniwersytetu Jagiellońskiego. Klub Studencki „Pomorania” w Gdańsku - zrzeszający studentów Uniwersytetu Gdańskiego i Politechniki Gdańskiej. Klub Turystyczny „Wanożnik” - organizujący przede wszystkim coroczny spływ kajakowy „Śladami Remusa”. Klub Siedmiu Kolorów - zrzeszający zainteresowanych tradycyjnym haftem