Przeprowadzono unię obu kolonii, lecz nie powołano w pełni wybieralnego rządu. Działalność publicystyczna zaprowadziła Cosmosa do legislatury. Najpierw w latach 1863–1866 zasiadał w Radzie Legislacyjnej Wyspy Vancouver, a w latach 1867–1868 i 1870–1871 w legislaturze połączonych kolonii. W 1868 po sukcesie Konfederacji Kanady i inkorporacji do niej Terytoriów Północno-Zachodnich rozpoczął kampanię mającą na cel dołączenie Kolumbii Brytyjskiej do Konfederacji. Cosmos, podobnie jak światli politycy działający w kolonii, rozumiał, że jest to jedynym sposobem jej demokratyzacji i przełamania monopolu władzy konserwatywnych brytyjskich lojalistów. W 1868 wraz ze swym politycznym rywalem Johnem Robsonem założył Ligę Konfederacyjna, zalążek partii politycznej, grupę nacisku dążącą do przyłączenia Kolumbii Brytyjskiej do Kanady. Cosmos został jednym z organizatorów i głównym uczestnikiem konferencji w Yale, w czasie której przygotowano projekt umowy konfederacyjnej, włączając do niego - mimo opozycji członków ligi - tzw. Klauzulę 15, proponującą ograniczenie roli zgromadzenia legislacyjnego i zachowania nie przedstawicielskiego rządu mianowanego przez gubernatora.