W 1946 Goj wrócił do Czechosłowacji i osiadł w Bratysławie, gdzie pracował początkowo jako nauczyciel w gimnazjum (do 1950), a następnie jako bibliotekarz, w dziale literatury radzieckiej i obcojęzycznej biblioteki uniwersyteckiej. W tym czasie uwikłał się w konflikt z władzami komunistycznymi, które uważały go za laskiego wywrotowca i separatystę, gdyż jego laskie utwory często krytykowały nowe komunistyczne porządki. Konflikt między Gojem a czeską partią komunistyczną posunął się tak dalece, że konfiskowano i usuwano z bibliotek jego książki, by usunąć Goja całkowicie z pamięci narodu. Blokowano również starania naukowe Łysohorskiego, starano się nawet pozbawić go prawa wykonywania zawodu nauczyciela. Pod tak masywną presją komunistów, Goj czuł się zmuszony ponownie prosić bezpośrednio Stalina o pomoc. Tylko interwencja tego ostatniego sprawiła, że Goj mógł pozostać nauczycielem, przewodniczącym lokalnego związku pisarzy. W połowie lat 50. objął katedrę filologii na Uniwersytecie Komeńskiego w Bratysławie, gdzie w 1960 został docentem. W latach 60. udało mu się wydać pełny zbiór swej laskiej poezji.