Administracyjnie cały obszar Beskidu Wyspowego położony jest w województwie małopolskim. Największa jego część należy do powiatu limanowskiego, który jest też niemal w całości położony w tym regionie. Wschodnie obrzeża Beskidu Wyspowego (wzdłuż Dunajca) wchodzą w skład powiatu nowosądeckiego, północne powiatu bocheńskiego, zachodnie myślenickiego i suskiego, południowo-zachodnie nowotarskiego.
Geologia Odosobnione góry Beskidu Wyspowego są denudacyjnymi ostańcami piaskowców magurskich, pod którymi znajdują się głębiej położone serie skalne płaszczowiny śląskiej. Dawniej układ tych warstw był odwrotny: wklęsłe formy terenu, tzw. synkliny, utworzone były ze skał twardych, natomiast wypukłe (antykliny) z miękkich. Obecne szczyty stanowiły więc zagłębienia terenu, zaś dzisiejsze doliny były wzniesieniami. W wyniku fałdowania i wypiętrzania terenu na przełomie starszego i młodszego trzeciorzędu nastąpiło odwrócenie rzeźby terenu. Te niżej obecnie położone cienkoławicowe warstwy piaskowcowo-łupkowe, margle i łupki ilaste są bardziej podatne na wietrzenie, stąd też tworzą one słabiej nachylone stoki oraz duże obniżenia między górami. Taką budowę i genezę powstania Beskidu Wyspowego potwierdzają badania przeprowadzone na wielu odkrytych oknach tektonicznych, największe z nich w Mszanie Dolnej zostało szczegółowo opisane w 1988 r.