Lata 2000-2009 Drużyna, której trzon stanowią piłkarze wywodzący się z Górnego Śląska, plasuje się w połowie tabeli, lecz kolejne zawirowania stawiają Górnik na skraju krawędzi, czego wynikiem są nieustanne boje przed uniknięciem relegacji. Gdy klub odzyskał organizacyjną i finansową stabilizację, zamiast dołączyć do ligowych potentatów, zanotował najgorszy od lat wynik sportowy, doświadczając drugiego w historii spadku z najwyższej klasy rozgrywkowej.
Lata 2009-2013 Zespół mimo spadku szybko wrócił do Ekstraklasy. Potrzebował do tego tylko jednego sezonu. Od czasu powrotu do najwyższej klasy rozgrywkowej Górnik grał dobrze, lecz miał wahania formy. Ostatnie trzy sezony drużyna z Zabrza kończyła w górnej części ligowej tabeli. Klub finalizuje wówczas budowę nowego stadionu, który będzie mógł pomieścić około 30 tysięcy widzów.
Lata 2013-2017 Kończy się rozbudowa i modernizacja stadionu przy ul. Roosevelta. W tym samym czasie zabrzański Górnik notuje trzeci w swej historii spadek z Ekstraklasy. W 2016/2017 KS Górnik Zabrze występuje w I lidze, jednak po szybkim awansie, od sezonu 2017/2018, „Górnicy" wracają do najwyższej klasy rozgrywkowej.
Górnik w poszczególnych sezonach mały|900px|centruj|Historia występów Górnika Zabrze w rozgrywkach ligowych