Latem 2002, z uwagi na budowę nowego dworca, został jednak wykreślony z listy zabytków i rozpoczęto roboty rozbiórkowe.
Obecny dworzec mały|lewo|Jedno z dwóch głównych wejść mały|lewo|Budynek dworca nocą mały|lewo|Peron metra mały|Perony podziemne na poziomie -1 mały|Perony na poziomie +1 Współczesny dworzec, zaprojektowany przez Meinharda von Gerkana z firmy Gerkan, Marg und Partner, jest największym dworcem o formie wieżowej na świecie. Został zlokalizowany na przecięciu istniejącej czterotorowej linii wiaduktowej w kierunku wschód-zachód z nową, również czterotorową linią położoną w tunelu w kierunku północ-południe. Na linii nadziemnej zbudowano trzy perony (z sześcioma krawędziami), z czego jeden przeznaczony jest dla S-Bahn, a dwa pozostałe przystosowane do ruchu ICE; podziemna linia posiada cztery perony (z ośmioma krawędziami), wszystkie dostępne dla ICE. Ponadto w podziemiu, równolegle do peronów kolejowych, zlokalizowano stację linii metra U5. Trwa budowa nowej linii S-Bahn północ-południe, która połączy Hauptbahnhof z dworcami Gesundbrunnen, Potsdamer Platz i Südkreuz.