Zmiany w projekcie mały|Szklany dach nad peronem W celu skrócenia czasu budowy i zmniejszenia kosztów pod koniec realizacji zrezygnowano z montażu ok. 1/4 szklanego dachu peronów nadziemnych (110 z 430 m długości). Następnie zdecydowano, że w podziemiu, zamiast planowanych przypominających sklepienia skomplikowanych form rozpraszających padające z góry światło, wykonany zostanie typowy, płaski, kasetonowy strop podwieszony. Zmiany w projekcie zostały dokonane przez biuro inwestycyjne niemieckiej kolei bez zgody i wiedzy architekta, Meinharda von Gerkana. Architektowi zakazano również wygłoszenia tradycyjnej mowy na uroczystości otwarcia dworca.
Gerkan wniósł wobec tego w październiku 2005 skargę przed 16. izbą sądu okręgowego w Berlinie (nr akt: 16 O 240/05). Architekt utrzymywał, że zmiana spowodowana była umotywowaną względami osobistymi decyzją szefa kolei Mehdorna, zaś przerobienie projektu kosztowało w istocie więcej niż wykonanie go w wersji pierwotnej. 28 listopada 2006 wydano bezprecedensowy w Niemczech wyrok w sprawie o naruszenie praw autorskich architekta, przyznając rację Gerkanowi. Przewodniczący składu sędziowskiego określił wbudowanie płaskiego stropu w podziemiu dworca jako „poważne zniekształcenie” dzieła architektonicznego podkreślając, że zmiana na pierwotnie planowany strop jest w dalszym ciągu możliwa.