Kiedy odzyskał wolność, podjął się na stałe opieki nad chorymi. W grudniu 1539 r. otworzył mały przytułek, tzw. zakład miłosierdzia, który utrzymywał z kwesty. Zaapelował wtedy do lekarzy, aby odwiedzali tam osoby chore i kalekie. Robili to za darmo. Prosił o pomoc także kapłanów, aby leczyć zarówno dusze, jak i ciała swoich podopiecznych.
Organizował w nowej formie szpitalnictwo. Opiekował się także sierotami, ludźmi starymi, bezdomnymi, ubogimi i wędrowcami. Z czasem pozyskał sobie towarzyszy – tworząc początki zakonu szpitalnego zwanego "dobrymi braćmi – bonifratrami".
Wyczerpany pokutą i ciężką chorobą oraz niezwykle aktywnym trybem życia, św. Jan zmarł w roku 1550, mając 55 lat. Mieszkańcy Grenady zajęli się kontynuowaniem jego dzieła.
Kult Beatyfikacja Jan Boży został beatyfikowany 21 września 1630 przez Urbana VIII.
Kanonizacja Kanonizacja Jana Bożego odbyła się 16 października 1690 roku. Z prośbą o jej dokonanie wystąpili do papieża Aleksandra VIII katoliccy monarchowie Europy, w tym także polski król Jan III Sobieski. Dzień obchodów Jego wspomnienie liturgiczne w Kościele katolickim obchodzone jest 8 marca.