Od kwietnia 2010 do lipca 2012 był dowódcą grupy astronautów JAXA.
Dekretem prezydenta Federacji Rosyjskiej Dmitrija Miedwiediewa, № 437 z 12 kwietnia 2011, został odznaczony Medalem „Za zasługi w podboju kosmosu”.
W swój czwarty lot kosmiczny wyruszył 7 listopada 2013 na pokładzie Sojuza TMA-11M. Wchodził w skład Ekspedycji 38 (jako inżynier pokładowy) i 39 (jako dowódca). Na Ziemię powrócił 14 maja 2014 tym samym statkiem.
Stowarzyszenie Uczestników Lotów Kosmicznych () przyznało mu Universal Astronaut Insignia za lot orbitalny (nr 340).
Życie prywatne Jest żonaty z Niemką Stefanie von Sachsen-Altenburg, z którą ma syna. Hobby, krótkofalowiec, znak wywoławczy KC5ZTA.
Wykaz lotów Loty kosmiczne, w których uczestniczył Kōichi Wakata Nr Data startu Statek kosmiczny Data lądowania Statek kosmiczny Funkcja Czas trwania 1 11 stycznia 1996 STS-72Endeavour F-10 20 stycznia 1996 STS-72Endeavour F-10 Specjalista misji (MS-3) 8 dni 22 godziny i 40 sekund 2 11 października 2000 STS-92Discovery F-28 24 października 2000 STS-92Discovery F-28 Specjalista misji (MS-4) 13 dni 23 minuty i 23 sekundy 3 15 marca 2009 STS-119Discovery F-36 31 lipca 2009 STS-127Endeavour F-23 Inżynier pokładowy 137 dni 15 godzin 4 minuty i 24 sekundy 4 7 listopada 2013 Sojuz TMA-11M 14 maja 2014 Sojuz TMA-11M Inżynier pokładowy,dowódca Ekspedycji 39 187